R实战：系统发育树的数据集成操作及可视化

作品简介

本书系统介绍了使用 treeio、tidytree、ggtree 和 ggtreeExtra 等R包操作系统发育树的全套流程，包括对树文件的解析，以及树与其相关数据的操作、整合、可视化等内容。

本书由余光创撰写，旨在为系统发育树的操作与呈现提供指导。如果读者需要进行系统发育树的相关操作，却又觉得无从下手，那么这本书会提供很大的帮助。关于系统发育树的大部分问题，都能在本书中找到答案。

余光创，毕业于香港大学公共卫生学院，获得生物信息学博士学位。南方医科大学基础医学院教授，现任生物信息学系系主任。连续两年（2020-2021）入选爱思唯尔中国高被引学者，入选全球前2%顶尖科学家榜单“年度科学影响力”排行榜（2020-2022）和“终身科学影响力”排行榜（2021-2022）。

作品目录

• 内容简介
• 关于作者
• 推荐序
• 前言
• 第1篇　树数据的输入/输出及操作
• 第1章　导入带有数据的树文件
• 1.1　系统发育树构建概述
• 1.2　系统发育树文件格式
• 1.3　使用treeio导入树及相关数据
• 1.4　总结
• 1.5　本章练习题
• 参考文献
• 第2章　操作含有关联数据的树
• 2.1　使用tidy接口操作树数据
• 2.2　数据整合
• 2.3　重新设定树的根节点
• 2.4　重新调整分支标尺
• 2.5　对包含数据的树取子集
• 2.6　操作树数据以进行可视化
• 2.7　总结
• 2.8　本章练习题
• 参考文献
• 第3章　导出含有数据的树
• 3.1　简介
• 3.2　将树数据导出为BEAST Nexus格式的文件
• 3.3　将树数据导出为jtree格式的文件
• 3.4　总结
• 3.5　本章练习题
• 参考文献
• 第2篇　树数据的可视化及注释
• 第4章　系统发育树可视化
• 4.1　简介
• 4.2　使用ggtree包对系统发育树进行可视化
• 4.3　绘制树的构成部分
• 4.4　对树列表进行可视化
• 4.5　总结
• 4.6　本章练习题
• 参考文献
• 第5章　系统发育树注释
• 5.1　使用图形语法对树进行可视化及注释
• 5.2　进化树注释图层
• 5.3　使用进化软件输出结果注释树
• 5.4　总结
• 5.5　本章练习题
• 参考文献
• 第6章　系统发育树的可视化探索
• 6.1　查看选定的进化枝
• 6.2　缩小选定的进化枝
• 6.3　折叠及展开进化枝
• 6.4　对分类单元进行分组
• 6.5　对系统发育树结构的探索
• 6.6　总结
• 6.7　本章练习题
• 参考文献
• 第7章　绘制含有数据的树
• 7.1　将外部数据映射到树结构
• 7.2　基于树的结构将图与树对齐
• 7.3　对含有关联矩阵的树进行可视化
• 7.4　对含有多序列比对结果的树进行可视化
• 7.5　复合图
• 7.6　总结
• 7.7　本章练习题
• 参考文献
• 第8章　使用轮廓图和子图注释进化树
• 8.1　使用图像注释进化树
• 8.2　使用phylopic注释进化树
• 8.3　使用子图注释进化树
• 8.4　玩转phylomoji
• 8.5　总结
• 8.6　本章练习题
• 参考文献
• 第3篇　ggtree拓展包
• 第9章　对其他树形对象使用ggtree包
• 9.1　使用ggtree包绘制系统发育树对象
• 9.2　使用ggtree包绘制树状图
• 9.3　使用ggtree包绘制树形网络图
• 9.4　使用ggtree包绘制其他树形结构
• 9.5　总结
• 9.6　本章练习题
• 参考文献
• 第10章　使用ggtreeExtra包在环形布局上呈现数据
• 10.1　简介
• 10.2　基于树的结构将图与树对齐
• 10.3　在多维数据的可视化中将多个图与树对齐
• 10.4　群体遗传学示例
• 10.5　总结
• 10.6　本章练习题
• 参考文献
• 第11章　其他ggtree扩展包
• 11.1　使用MicrobiotaProcess包进行分类学注释
• 11.2　使用tanggle包可视化系统发育网络图
• 11.3　总结
• 11.4　本章练习题
• 参考文献
• 第4篇　杂项
• 第12章　ggtree包中的实用工具
• 12.1　分面相关实用工具
• 12.2　几何对象图层
• 12.3　布局相关工具
• 12.4　标尺相关工具
• 12.5　树数据相关工具
• 12.6　树相关工具
• 12.7　交互式ggtree注释
• 12.8　本章练习题
• 第13章　可重复示例图库
• 13.1　绘制系统发育树与核苷酸序列之间的距离
• 13.2　以不同的符号点呈现自举值
• 13.3　突出显示不同分组
• 13.4　含有基因组位点结构信息的系统发育树
• 参考文献
• 附录A　常见问题
• A.1　安装相关问题
• A.2　R语言相关问题
• A.3　美学映射相关问题
• A.4　文本和标签相关问题
• A.5　分支设置
• A.6　为不同的分面面板设置不同的x轴标签
• A.7　在树的底部图层绘制图形
• A.8　扩大环形布局或扇形布局树的内部空间
• A.9　使用离根最远的叶节点作为时间尺度树的原点
• A.10　删除环形布局树的空白边距
• A.11　编辑树图的细节
• 参考文献
• 附录B　相关工具
• B.1　MircrobiotaProcess包：将物种分类表转换为treedata对象
• B.2　rtol包：Open Tree API的R接口
• B.3　将ggtree对象转换为plotly对象
• B.4　绘制漫画风格的系统发育树（类似xkcd）
• B.5　绘制ASCII Art形式的有根树
• B.6　放大树的选定部分
• B.7　在ggtree包中使用ggimage包的提示
• B.8　在Jupyter Notebook中运行ggtree包
• 参考文献
• 附录C　练习题答案
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